Скорее всего так (но вообще-то я не риэлтер, просто - интересуюсь)):
Если квартира приобретена и зарегистрирована в собственность в Росреестре до 1 января 2016 года, то можно продавать без налога через 3 года. Если после 1 января 2016 - то через 5 лет.
Если продавать до истечения 5 лет, то при расчете налога в качестве суммы продажи возьмут большее из двух: либо кадастровая стоимость квартиры, умноженная на коэффициент 0,7, либо цена продажи квартиры, указанная в договоре.
Указывать в договоре цену, за которую сами купили по ДДУ, наверное, имеет смысл при продаже по переуступке, т.е. когда квартира ещё не принята по акту приема-передачи от застройщика.